Viele Enzyme weisen einen kleinen Nichtproteinanteil auf, das Coenzym. Das Coenzym ist für die Funktion bestimmter Enzyme wesentlich. Durch Bindung an das entsprechende Enzym, wird dieses aktiviert. Coenzyme binden nur locker oder vorübergehend an ein Enzym. Viele Enzyme sind nur in Anwesenheit von Coenzymen aktiv.
In Bezug auf den Energietransport ist das wichtigste und bekannteste Coenzym, das Adenosintriphosphat, kurz ATP. ATP ist für den Zellstoffwechsel das wichtigste energiereiche Nukleotid. Auch Spurenelemente können Coenzym-Funktionen übernehmen.