Endotoxine sind Giftstoffe, die freigesetzt werden, wenn Bakterien absterben. Dies kann vor allem im Dickdarm des Pferdes eintreten durch eine Umschichtung der Zusammensetzung der Bakterienflora. Ursachen dafür sind zum Beispiel eine abrupte Änderung der Fütterungsgrundlage oder eine Anflutung großer Stärkemengen im Dickdarm.
Die entstandenen Endotoxine werden über die Darmschleimhaut ins Blut aufgenommen und über die Leber entgiftet. Das bedeutet, dass die Leber zusätzlich gefordert wird und schneller überlasten kann.
Um der Entstehung von Endotoxinen vorzubeugen, sollte man daher unter anderem darauf achten, Pferde im Frühjahr schrittweise anzuweiden und getreidereiche Kraftfutterrationen auf mehrere Portionen aufzuteilen.