Eiweiße bestehen aus langen Aminosäureketten. Die Art des Eiweißes wird bestimmt über die Abfolge der verschiedenen Aminosäuren. Proteine sind essentiell für den Aufbau von Geweben (Muskulatur, Bindegewebe), Körperflüssigkeiten (Milch, Blut) oder auch Immunglobulinen. Überschüssiges Eiweiß wird zur Energiegewinnung genutzt.
Schon im Magen beginnt der Abbau der Proteine. Im Dünndarm wird durch die Hilfe von Peptidasen das Eiweiß weiter gespalten in Tri- und Dipeptide. Aus diesen werden in der Dünndarmschleimhaut einzelne Aminosäuren. Die Aminosäuren werden dann in der Leber zu körpereigenen Eiweißen zusammengesetzt.
Jedoch kann nur das Eiweiß aus dem Zellinhalt im Dünndarm verdaut und somit genutzt werden. Das Protein aus der Zellwand und andere stickstoffhaltige Verbindungen wandern in den Dickdarm. Dort produzieren die Mikroorganismen daraus hochwertiges Mikrobeneiweiß, welches aber nur in geringem Umfang vom Pferd genutzt werden kann und größtenteils mit dem Kot ausgeschieden wird.
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